ﾎｸﾞﾜｰﾂ魔法魔術学校の3年生となったﾊﾘｰ･ﾎﾟｯﾀｰが､両親の本当の死の真相を知らされる一年間を描く｡
夏夏休み､ﾀﾞｰｽﾞﾘｰ家にﾏｰｼﾞおばさんが尋ねてくる｡ﾎｸﾞﾜｰﾂ魔法魔術学校から帰省していたﾊﾘｰは､ﾏｰｼﾞの嫌がらせに耐え切れなくなり､ﾏｰｼﾞに魔法を使い､ﾀﾞｰｽﾞﾘｰ家を飛び出した｡その直後､ﾊﾘｰは暗闇の中に大きな黒い犬を目撃する｡
魔法を使ってしまい､退学を覚悟しながらどこにも行くあてのないﾊﾘｰは､突然現れた､迷子の魔法使いのお助けﾊﾞｽの｢夜の騎士(ﾅｲﾄ)ﾊﾞｽ｣に乗ってﾀﾞｲｱｺﾞﾝ横丁へ向かう｡ﾊﾟﾌﾞ｢漏れ鍋｣に到着したﾊﾘｰだったが､そこには魔法省大臣ｺｰﾈﾘｳｽ･ﾌｧｯｼﾞが待ち構えていた｡退学を覚悟したﾊﾘｰだったが､なぜかﾌｧｯｼﾞはその件には触れず､ﾊﾘｰが無事なのをほっとした様子で､新学期が始まるまで｢漏れ鍋｣に泊まること､そして外出はﾀﾞｲｱｺﾞﾝ横丁のみにすることを約束させる｡
夏休み最終日､ﾊﾘｰはﾀﾞｲｱｺﾞﾝ横丁でﾛﾝ･ｳｨｰｽﾞﾘｰをはじめとするｳｨｰｽﾞﾘｰ一家､ﾊｰﾏｲｵﾆｰ･ｸﾞﾚﾝｼﾞｬｰと再会する｡その夜､｢漏れ鍋｣でｳｨｰｽﾞﾘｰ夫妻の会話を聞いたﾊﾘｰは､ｱｽﾞｶﾊﾞﾝを脱獄したｼﾘｳｽ･ﾌﾞﾗｯｸが､自分の命を狙っていることを知る｡後々ﾊﾘｰも知ることだが､ﾌﾞﾗｯｸは闇の帝王であるｳﾞｫﾙﾃﾞﾓｰﾄ卿のしもべで､ﾊﾘｰの両親を裏切り､その居場所を御主人様に教えて､両親を死においやったとされている｡
新学期が始まり､｢闇の魔術に対する防衛術｣教授にﾘｰﾏｽ･ﾙｰﾋﾟﾝ､｢魔法生物飼育学｣教授にﾙﾋﾞｳｽ･ﾊｸﾞﾘｯﾄﾞが就任する｡ﾊｸﾞﾘｯﾄﾞにとっては念願の教職であったが､初めての授業でﾄﾞﾗｺ･ﾏﾙﾌｫｲに授業をﾒﾁｬｸﾁｬにされ､おまけにﾄﾞﾗｺは怪我をしてしまう｡一方ﾙｰﾋﾟﾝの授業はたちまち生徒の間で人気となる｡またﾊﾘｰは､3年生から新しく｢占い学｣を受講したが､ｼﾋﾞﾙ･ﾄﾚﾛｰﾆｰ教授からしょっちゅう死を予言され､うんざりする｡
ｸｨﾃﾞｨｯﾁのｼｰｶｰとして3ｼｰｽﾞﾝ目を迎えたﾊﾘｰは､今年限りで卒業するｷｬﾌﾟﾃﾝ､ｵﾘﾊﾞｰ･ｳｯﾄﾞの為に､ﾁｰﾑﾒｲﾄと共にｸｨﾃﾞｨｯﾁの練習に励み､そして今年こそ優勝すると誓う｡そして初戦の対ﾊｯﾌﾙﾊﾟﾌ戦で､ﾊﾘｰは吸魂鬼の影響で箒から落ちてしまう｡そしてﾊﾘｰは吸魂鬼と戦う為､吸魂鬼から唯一守ってくれるものである｢守護霊｣を出す｢守護霊の呪文｣を教わる｡その後､事故の為壊れてしまったﾆﾝﾊﾞｽ2000に代わり､謎の人物から送られてきた最高級箒､ﾌｧｲｱﾎﾞﾙﾄのおかげで対ﾚｲﾌﾞﾝｸﾛｰ戦に勝利したｸﾞﾘﾌｨﾝﾄﾞｰﾙﾁｰﾑは､最終戦でｽﾘｻﾞﾘﾝを破り､見事優勝を果たす｡
3年生になるとﾎｸﾞｽﾞﾐｰﾄﾞ村へ行くことが許されるが､ﾏｰｼﾞおばさんの1件でﾀﾞｰｽﾞﾘｰ夫妻から許可証を貰えなかったﾊﾘｰは村へ行くことが出来なかった｡そこへ､ﾌﾚｯﾄﾞ･ｳｨｰｽﾞﾘｰとｼﾞｮｰｼﾞ･ｳｨｰｽﾞﾘｰから｢忍びの地図｣を譲り受ける｡それはﾎｸﾞﾜｰﾂ城の詳細な地図であり､ﾎｸﾞｽﾐｰﾄﾞ村へ通じる秘密の抜け道も記されていた｡｡そして抜け道を使ってﾎｸﾞｽﾞﾐｰﾄﾞ村へ向かったﾊﾘｰは､ﾛﾝ､ﾊｰﾏｲｵﾆｰと共にﾊﾟﾌﾞ｢三本の箒｣へ入る｡そこで､ﾌﾞﾗｯｸと自分の父ｼﾞｪｰﾑｽﾞ･ﾎﾟｯﾀｰが親友で､ﾊﾘｰの名付け親であること､そして両親を裏切り､死に追いやったことを知り､ﾌﾞﾗｯｸに怒りを抱くようになる｡その後､再び村へ外出したﾊﾘｰは､ｾﾌﾞﾙｽ･ｽﾈｲﾌﾟに無断外出を疑われて詰問されるが､ﾙｰﾋﾟﾝの助けもあって処罰を免れる｡が､｢忍びの地図｣をﾙｰﾋﾟﾝに没収されてしまう｡
一方､ﾋｯﾎﾟｸﾞﾘﾌのﾊﾞｯｸﾋﾞｰｸがﾏﾙﾌｫｲを傷つけた一件に関する裁判が行われ､ﾊﾞｯｸﾋﾞｰｸの処刑が決定される｡刑執行の直前､3人は密かにﾊｸﾞﾘｯﾄﾞを慰めるべくﾊｸﾞﾘｯﾄﾞの小屋を尋ねる｡そこにはﾊｰﾏｲｵﾆｰの猫､ｸﾙｯｸｼｬﾝｸｽに食べられたはずのﾛﾝのﾍﾟｯﾄであるﾈｽﾞﾐのｽｷｬﾊﾞｰｽﾞがいた｡そこになぜかどこからか石が飛んできてﾊﾘｰの後頭部に当たる｡それで､ﾊﾘｰ達は処刑人たちがやってくることに気づいて､ｽｷｬﾊﾞｰｽﾞを連れて城へ帰ろうとする｡だがその途中､そこに突然黒い犬が現れ､ｽｷｬﾊﾞｰｽﾞと共にﾛﾝが連れ去られてしまう｡
ﾊﾘｰとﾊｰﾏｲｵﾆｰはﾛﾝを追って､ｸﾙｯｸｼｬﾝｸｽのおかげで暴れ柳の下をくぐり叫びの屋敷に到着する｡そこで､黒い犬の正体がﾌﾞﾗｯｸであることを知ったﾊﾘｰ達はﾌﾞﾗｯｸと乱闘になるも､3人を追って来たﾙｰﾋﾟﾝの登場により中断｡この後､ﾙｰﾋﾟﾝの学生時代の話を聞かせれたﾊﾘｰ達は､ｽｷｬﾊﾞｰｽﾞの正体が､ﾌﾞﾗｯｸに殺されたと思われていたﾋﾟｰﾀｰ･ﾍﾟﾃｨｸﾞﾘｭｰであることを知る｡そして学生時代､狼人間であるﾙｰﾋﾟﾝを救うために3人の輝かしい友がそれぞれ動物になってくれたことも･･･｡ｼﾞｪｰﾑｽﾞ､ﾌﾞﾗｯｸ､ﾙｰﾋﾟﾝ､ﾍﾟﾃｨｸﾞﾘｭｰの4人は､学生時代に｢忍びの地図｣を作ったことやそれぞれみんな､綽名を使って呼んでいたことなども･･･｡そして､ﾌﾞﾗｯｸから､ﾍﾟﾃｨｸﾞﾘｭｰがﾎﾟｯﾀｰ家の居場所をｳﾞｫﾙﾃﾞﾓｰﾄに密告した張本人だと明かされる｡この後､ﾊﾘｰの提案でﾈｽﾞﾐから人間に戻ったﾍﾟﾃｨｸﾞﾘｭｰを真犯人として魔法省に引き渡すことになった｡暴れ柳から出てきたﾊﾘｰ達だったが､満月の夜だった為に人狼のﾙｰﾋﾟﾝが狼人間に変身､理性を失い敵味方なく襲い掛かる｡混乱の隙にﾍﾟﾃｨｸﾞﾘｭｰが再びﾈｽﾞﾐに変身し逃亡してしまう｡そしてﾊﾘｰ達を庇うためにﾌﾞﾗｯｸは､黒い犬になり狼人間と格闘する｡狼人間は､ﾊﾘｰに向かってくるが､どこかから仲間の遠吠えが聞こえ､ﾙｰﾋﾞﾝはそちらに去っていく｡ﾊﾘｰはﾌﾞﾗｯｸを追っていくが､ﾌﾞﾗｯｸは傷を負ってたおれていた｡そこへ無数の吸魂鬼が襲いかかる｡そしてﾊﾘｰは｢守護霊の呪文｣を使うが歯が立たず､ﾊﾘｰも倒れてしまう｡だがそこで周りで吸魂鬼を追い払ってくれている一角獣のように輝いている動物を見た｡だがﾊﾘｰ達は力尽きて気を失ってしまう｡
ﾊﾘｰとﾊｰﾏｲｵﾆｰが目を覚ました時､ｼﾘｳｽは再び監禁され､死刑より酷い｢吸魂鬼の接吻｣を施される危機にあった｡ｱﾙﾊﾞｽ･ﾀﾞﾝﾌﾞﾙﾄﾞｱからその事実を聞かされた2人は､｢逆転時計｣を使って時間を遡り､処刑寸前のﾊﾞｯｸﾋﾞｰｸを救い出すことに成功する｡そして暴れ柳から出てきた過去のﾊﾘｰ達に吸魂鬼が容赦なく襲い掛かる｡そこでﾊﾘｰが吸魂鬼に向かって叫んだ｡｢ｴｸｽﾍﾟｸﾄ･ﾊﾟﾄﾛｰﾅﾑ!｣｡そして杖の先から出てきたのは眩い守護霊だった｡一角獣のように輝くその動物は牡鹿だった｡そしてﾊﾘｰは呟く､｢ﾌﾟﾛﾝｸﾞｽﾞ･･･｣｡そして後々人間に戻ったﾙｰﾋﾟﾝにこのことを聞いたところ､ｼﾞｪｰﾑｽﾞは学生時代､牡鹿に変身していたそうだ｡つまりﾊﾘｰの守護霊は父親だった｡その後､ﾊﾘｰとﾊｰﾏｲｵﾆｰは閉じ込められていたｼﾘｳｽをﾊﾞｯｸﾋﾞｰｸに乗せて逃亡させることに成功する｡だが13歳の子供の証言程度では､ｼﾘｳｽの無罪を証明できなかった｡
ｼﾘｳｽの無実を晴らせずﾙｰﾋﾟﾝも辞職し､暗い気持ちのﾊﾘｰだったが､ﾎｸﾞﾜｰﾂ特急でｼﾘｳｽからの手紙を受け取り､ﾌｧｲｱﾎﾞﾙﾄはｼﾘｳｽからの13回分まとめてのﾌﾟﾚｾﾞﾝﾄだったということなどを知り､幸せな気分で満たされる｡さらに､ﾊﾘｰへの手紙にはﾎｸﾞｽﾞﾐｰﾄﾞの許可証も入っていた｡そしてﾛﾝにはﾍﾟｯﾄがいなくなった為､ふくろうが送られてきた｡
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